تعاني هيئة النزاهة من آثار سلبية يعكسها تطبيق قانون العفو العام الصادر في عام 2008 بسبب إسهامه في حماية المتورطين في قضايا الفساد من العدالة، حسب مسؤول في الهيئة.
فقد انتقد رئيس الهيئة رحيم العكيلي القانون الذي قال إنه إهدار للمال العام، ودعا الحكومة إلى إصدار تشريعات تضمن القضاء على الفساد الإداري والمالي في البلاد، لافتا إلى أن أكثر من ثلاثة آلاف متهم بقضايا فساد شملوا بقانون العفو.وأشار العكيلي في حديث صحفي إلى إخفاق هيئته في سعيها من أجل تغيير بعض نصوص قانون العفو العام .
ودعا العكيلي إلى إلغاء النص القانوني الذي لا يسمح باستجواب الموظف إلا بعد العودة للوزير. كما أعرب عن أمله أن يقر البرلمان المقبل قوانين هيئة النزاهة .
وأوضح العكيلي أن هيئته تعكف حاليا على التحقيق في قضية صرف صكوك من مصرفي الرافدين والبنك الزراعي التي أدت إلى إهدار أكثر من ألف مليار دينار عراقي.