انتقد الشيخ عبدالمهدي الكربلائي من الصحن الحسيني المطهر في صلاة الجمعة 19 من شهر رمضان 1427 الموافق 13/10/2006 تشخيص أسباب و معالجات الأزمة العراقية من قبل بعض الأشخاص الفاعلين الذين يريدون المشاركة في مؤتمر مكة للمصالحة بين أطياف الشعب العراقي، حيث أبدى استغرابه من تصريح هؤلاء حينما وصفوا " جذور الأزمة و الحلول التي ينبغي وضعها بأنها ذات بعد طائفي " و طرح الكربلائي رؤاه حول الأمر من خلال شقين " سياسي و ديني "، حيث بين بأن البعد السياسي يتلخص في " ضرورة قبول جميع الأطراف السياسية للأخرين كما هم " و أن النظام السياسي الذي يضمن ازدهار هذا الشعب هو " النظام الذي يولد من خلال صناديق الإقتراع بعد تحكيم ارادة الشعب العراقي ".و أضاف بأن مقومات نجاح أي مؤتمر يخص هذا الأمر يعتمد على " توفر النية الصادقة للخروج من الأزمة " محذراً من " تأطير الأزمة العراقية بإطار طائفي " مشيراً الى "أن الإختلاف العقائدي و الفقهي بين الطائفتين الشيعية و السنية لم يمنع من تعايشهما طوال قرون بمحبة و توادد".وحول البعد الديني للأزمة العراقية دعا امام جمعة كربلاء المقدسة الى " ضرورة تفعيل عوامل الوحدة و القواسم المشتركة بين هذين الطائفتين و التي يحاول التكفيريون ابعاد أذهان شباب الامة عنها ".و في المحور الثاني لخطبته، عدّ الكربلائي، أن الفساد الإداري " لا يقل خطورةً عن الإنفلات الأمني ".و في إطار هذا السياق أشار الى الفقرة ( ب ) من المادة 136 في قانون أصول المحاكمات الجزائية لعام 1971 حيث عدّ هذه الفقرة بأنها " تعرقل جهود عمل هيئة النزاهة من خلال تسليط السلطة التنفيذية على القضائية " و هو " أمراً مخالف لمبدأ فصل السلطات الذي أقرّ دستورياً " داعياً رئيس الوزراء نور المالكي والمعنيين بالأمر الى " إعادة النظر في هذه الفقرة بما يطابق الدستور " محذراً في الوقت نفسه من خطورة عدم تفعيل القضاء العراقي في استئصال الفساد الاداري الذي بات يعرقل جهود الاعمار في البلاد".موفع نون الخبري